Terapeutska svojstva kefira potiču od njegove mikroflore tj. od kefirnih zrna. Tako je još 1887. god. priznat kao najbolje sredstvo protiv plućne tuberkuloze. Radi lake probavljivosti i podržavanje apetita, upotrebljava se kao sredstvo kod rekonvalescenata i oslabelih osoba. Uspešno se primenjuje za lečenje želudačnih i crevnih poteškoća i katara, nekih bubrežnih bolesti, određenih nadražaja jetre itd.
Može se konzumirati u prilično velikim količinama od 1 do 1,5 l dnevno. U kefiru ima naročito mnogo vitamina B, koje stvaraju kvasci. Svarljivost mu je veća nego kod mleka: sirovo mleko se zadržava u želudcu 7,5 sati, kuvano mleko 7 sati, kefir iz masnog mleka 4,5 sata i kefir iz obranog mleka 3 sata. Alkohol, u tim količinama koje sadrži kefir, podražuje apetit i povoljno utiče na krvni i nervni sistem. Kefir se smatra izvrsnim hranjivim lekovitim sredstvom za odojčad i decu sa slabom probavom, lenjom stolicom i uopšte kad se loše osećaju.
